A gyökérkezelés során a fogbélüreg (pulpa) tartalmát eltávolítják ezt a teret lehetőség szerint sterillé teszik, és olyan anyaggal tömik be a gyökércsatorna teljes hosszában, amely tartós zárást biztosít. A fog keményszövetei (zománc és dentin) alatt a fogbélüreg található. Ennek tartalma: érképletek, idegek, kötőszövet.
A gyökérkezelés indoka leggyakrabban a fogbélgyulladás, amit a mély szuvasodásból származó baktériumpenetráció okoz. A gyökércsatornába és annak falába ilyenkor baktériumok kerülnek. A gyökérkezeléssel a fertőzött beltartalmat és a fertőzött csatornafalat is eltávolítják. Ezt gyökérkezelő tűk segítségével hajtják végre.