A leggyakoribb szövődmény a gyökércsatorna túltömése, tehát a gyökértömőanyagoknak a gyökércsúcson való túljuttatása. Ez azért probléma, mert a periapikális térbe jutott anyagok idegentestként viselkednek a szervezet számára, és gyulladást váltanak ki. Előfordul az alultömés is, amikor a gyökértömőanyag nem tölti ki a preparált gyökércsatornát teljes hosszában. Ilyenkor a gyulladás kiújulása következhet be.
Különböző szövődmények előfordulhatnak a gyökércsatorna feltárásakor (álút, perforáció) vagy a gyökércsatorna tágításakor (lépcsőképződés, műszerek betörése, álút készítése, a gyökér oldalsó- vagy apikális perforációja).